Sia programmare i periodi di riscaldamento sia per tornare al regime ridotto, si utilizzano 2 pulsanti presenti nella zona comandi, nella parte superiore del timer.  Premendo il pulsante rosso, si innalza la temperatura ambiente al valore di riscaldamento normale impostato sulla testa termostatica. Premendo invece il pulsante blu, la temperatura ambiente viene riabbassata di 4°C.

Il timer si programma sostanzialmente mediante questi pulsanti. Questo perché nei giorni successivi, alla stessa identica ora, E-Pro ripete automaticamente, a seconda dei casi, l'incremento o la diminuzione della temperatura ambiente. È in grado di farlo in quanto "apprende" la  temperatura ambiente desiderata, regolata tramite i pulsanti.

Inoltre in qualsiasi momento è possibile verificare la modalità di funzionamento di E-Pro, che è sempre visualizzata dall'indicatore dello stato di funzionamento (rosso/blu) presente nella zona comandi.

L'orario a regime ridotto standard viene cancellato solo in caso di programmazione. Per fare questo è necessario avviare innanzitutto un periodo di riscaldamento premendo un pulsante (per 5 secondi). Azionando poi il pulsante sotto il pallino blu (sempre per 5 secondi), il periodo di riscaldamento viene  interrotto. In questo modo è possibile programmare fino a 4 periodi di riscaldamento al giorno.